Kamu tüzel kişiliğine sahip olan ve yükseköğretim kamu hizmeti yürüten vakıf üniversiteleri idari teşkilat içerisinde özgün bir niteliğe sahiptir. Mali yönetimdeki farklılaşma bu üniversitelerin idari örgütlenmesini ve karar mekanizmalarını da farklılaştırır. Vakıf üniversitelerine ilişkin akademik özgürlükler bakımından da tartışmalı olan konulardan biri ise bu üniversitelerde çalışan akademik personelin hukuki statüsüdür. Bu personelin göreve alınması ardışık biçimde gerçekleşen atama ve özel hukuk sözleşmesi şeklinde iki aşamalı bir işlem dizisiyle olmaktadır. Bununla birlikte, nitelikleri, atanma koşulları, görev ve yetkileri yasayla belirlenen ve kamu hizmeti yürüten bu kişiler esas olarak kamu hukuku kurallarına tâbidir. Kamu hukuku ilişkisiyle istihdam edilen bu kişiler Anayasa’nın 128. maddesinin birinci fıkrası kapsamında bir görev yürütmektedirler ve diğer kamu görevlileri kapsamındadırlar. Bu nedenle de bu kişilerin görevlerine son verilmesi işlemlerine karşı idari yargıda dava açılması kamu hukuku kuralları bakımından yargısal denetimin daha etkili olması ve akademik özgürlükler açısından da daha elverişli bir araçtır.